Detection of non-tuberculosus mycobacteria (NTMs) in lung samples using 16S rRNA

BACKGROUND Non-tuberculous mycobacteria (NTMs) cause diseases known as mycobacteriosis and are an important cause of morbidity and mortality. The diagnosis of pulmonary disease caused by NTM is hampered by its clinical similarity with tuberculosis (TB) and by the lack of an accurate and rapid laboratory diagnosis. OBJECTIVES Detect DNA from NTMs directly from lung samples using real-time polymerase chain reaction (qPCR) for amplification of 16S rRNA. Additionally, DNA sequencing (hsp65 and rpoB genes) was used to identify the species of MNTs. METHODS A total of 68 sputum samples (54 with suspected NTMs and 14 with TB) from patients treated at a referral hospital were used. FINDINGS Of these, 27/54 (50%) were qPCR positive for NTMs and 14/14 TB patients (controls) were qPCR negative with an almost perfect concordance (Kappa of 0.93) with the Mycobacterium spp. culture. Sequencing confirmed the presence of NTM in all positive samples. The most common species was Mycobacterium gordonae (33%), followed by Mycobacterium abscessus (26%), Mycobacterium fortuitum (22%), Mycobacterium avium (15%) and Mycobacterium peregrinum (4%). MAIN CONCLUSIONS The qPCR technique for detecting NTMs targeting 16S rRNA has the potential to detect NTMs and rapidly differentiate from Mycobacterium tuberculosis. However, it is necessary to identify the species to help in the differential diagnosis between disease and contamination, and to guide the choice of the therapeutic scheme.

Rastreio radiológico para tuberculose em uma penitenciária do sul do Brasil / Radiological screening for tuberculosis in a prison in the south of Brazil

Introdução: Conhecer o perfil da população privada de liberdade da Penitenciária Modulada de Osório (PMO), do ponto de vista radiológico e estimar a prevalência da tuberculose ativa no presídio.Métodos: Foi realizada análise retrospectiva de 677 radiografias de tórax obtidas para rastreio de tuberculose e de dados da ficha de atendimento do setor de Radiologia no período de julho a outubro de 2019.Resultados: Foram detectadas 150 radiografias alteradas, o que representa 22% dos 677 exames. Dos 150 exames alterados, 109 (16% do total e 72% dos alterados) apresentavam lesões com características de doença granulomatosa. Dos 677 pacientes, 11,5% referiram tratamento atual ou prévio para tuberculose e estes representam 38% dos casos com radiografias alteradas. Foram detectados 50 pacientes sem história prévia de tuberculose com lesões de aspecto muito provavelmente devido a tuberculose com características de doença ativa (7,3% do total), os quais foram encaminhados para investigação como casos novos. Em relação ao questionário aplicado, não foi observada diferença significativa entre os pacientes que referiam ou negavam tosse entre os com exames normais e alterados.Conclusões: Os indivíduos privados de liberdade apresentaram alta prevalência de alterações radiológicas com aspecto sugestivo de doença granulomatosa. Estes achados permitem inferir que na Penitenciária Modulada de Osório há elevada prevalência de tuberculose, provavelmente em níveis semelhantes a outras casas prisionais do Brasil.

Introduction: To determine the radiologic profile of 'the prisoners at Osório Modular Prison and estimate the prevalence of active tuberculosis in the institution.Methods: We retrospectively analyzed 677 chest radiographs obtained for tuberculosis screening and data from the medical records of prisoners seen at the Radiology Department from July to October 2019.Results: Of 677 radiographs, 150 (22%) showed abnormalities. Of these, 109 (16% of total or 72% of abnormal radiographs) showed lesions characteristic of granulomatous disease. Of all 677 patients, 11.5% reported current or previous treatment of tuberculosis, accounting for 38% of all abnormal radiographs. Fifty patients with no previous history of tuberculosis had lesions that were most likely due to active tuberculosis (7.3% of total), and were referred for further investigation as new cases. The responses to the questionnaire revealed no significant difference between patients who reported or denied coughing when comparing those with normal vs abnormal radiographs.Conclusions: Individuals deprived of liberty had a high prevalence of radiologic abnormalities suggestive of granulomatous disease. These findings allow us to infer that there is a high prevalence of tuberculosis at Osório Modular Prison, probably at levels comparable to those of other prison facilities in Brazil.

Nontuberculous mycobacterial lung disease in a high tuberculosis incidence setting in Brazil / Doença pulmonar por micobactérias não tuberculosas em uma região de alta incidência de tuberculose no Brasil

ABSTRACT Objective: The incidence of lung disease caused by nontuberculous mycobacteria (NTM) has been increasing worldwide. In Brazil, there are few studies about nontuberculous mycobacterial lung disease (NTMLD), and its prevalence is yet to be known. Our objective was to determine the specific etiology of the disease in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, as well as the frequency and diversity of NTM species in our sample of patients. Methods: This is a retrospective analysis of the medical records of patients diagnosed with NTMLD treated in a referral center located in the city of Porto Alegre, Brazil, between 2003 and 2013. Results: Our sample comprised 100 patients. The most prevalent NTM species were Mycobacterium avium complex (MAC), in 35% of the cases; M. kansasii, in 17%; and M. abscessus, in 12%. A total of 85 patients had received previous treatment for tuberculosis. Associated conditions included structural abnormalities in the lungs, such as bronchiectasis, in 23% of the cases; COPD, in 17%; and immunosuppressive conditions, such as AIDS, in 24%. Conclusions: MAC and M. kansasii were the most prevalent species involved in NTMLD in the state, similarly to what occurs in other regions of Brazil. Data on regional epidemiology of NTMLD, its specific etiology, and associated conditions are essential to establish appropriate treatment, since each species requires specific regimens. Most patients with NTMLD had received previous tuberculosis treatment, which might lead to development of resistance and late diagnosis.

RESUMO Objetivo: A incidência de doença pulmonar causada por micobactérias não tuberculosas (MNT) tem aumentado em todo o mundo. No Brasil, há poucos estudos sobre doença pulmonar por MNT, e sua prevalência ainda não é conhecida. Nosso objetivo foi determinar a etiologia específica da doença no estado do Rio Grande do Sul, bem como a frequência e a diversidade das espécies de MNT em nossa amostra de pacientes. Métodos: Análise retrospectiva dos prontuários de pacientes diagnosticados com doença pulmonar por MNT atendidos em um centro de referência localizado na cidade de Porto Alegre, RS, entre 2003 e 2013. Resultados: Nossa amostra foi composta por 100 pacientes. As espécies de MNT mais prevalentes foram Mycobacterium avium complex (MAC, complexo M. avium), em 35% dos casos; M. kansasii, em 17%; e M. abscessus, em 12%. Um total de 85 pacientes havia feito tratamento anterior para tuberculose. Condições associadas incluíram anormalidades estruturais nos pulmões, como bronquiectasias, em 23% dos casos; DPOC, em 17%; e condições imunossupressoras, como AIDS, em 24%. Conclusões: MAC e M. kansasii foram as espécies mais prevalentes envolvidas na doença pulmonar por MNT no estado, à semelhança do que ocorre em outras regiões do Brasil. Dados sobre a epidemiologia regional da doença pulmonar por MNT, sua etiologia específica e condições associadas são fundamentais para se estabelecer um tratamento adequado, já que cada espécie requer um esquema específico. A maioria dos pacientes com doença pulmonar por MNT havia feito tratamento anterior para tuberculose, o que pode levar a desenvolvimento de resistência e diagnóstico tardio.

Fungus ball in HIV-infected patients / Bola fúngica em pacientes HIV-infectados

Aspergillus is a phagocyte opportunistic fungus that causes aspergillosis, an unusual disease in patients with AIDS. Six cases of fungal ball in patients with AIDS are reported here. In this group, all patients had hemoptysis and tuberculosis as the underlying lung disease. The diagnosis of pulmonary fungus ball was based on the clinical and radiographic feature, combined with serological and mycological evidence of Aspergillus fumigatus.

Os fungos filamentosos são oportunistas de fagócitos, motivo pelo qual aspergilose é incomum em pacientes com Aids. A apresentação clínica depende do estado imune, tamanho do inóculo fúngico e doença de base. São relatados neste trabalho seis casos de bola fúngica em pacientes com Aids. Neste grupo, todos tiveram tuberculose como doença de base e hemoptise foi o principal sintoma. O diagnóstico da bola fúngica foi através da apresentação clínica, achados radiológicos combinados com imunodifusão radial dupla, exame micológico direto e cultivo do material do trato respiratório, sendo A. fumigatus o agente isolado

Microepidemia de histoplasmose em Blumenau, Santa Catarina / An outbreak of histoplasmosis in the city of Blumenau, Santa Catarina

A histoplasmose pulmonar aguda é pouco diagnosticada e muitas vezes confundida com tuberculose. A maior parte do conhecimento sobre a doença veio de relatos de epidemias resultantes da exposição de certo número de indivíduos a uma mesma fonte de infecção. O isolamento do H. capsulatum var. capsulatum a partir de amostras de solo comprova o foco epidêmico. Pela primeira vez é descrita uma microepidemia, com o relato de dois casos e o isolamento do fungo do foco de infecção, em Santa Catarina. Recomendam-se novos estudos epidemiológicos para se determinar a prevalência da infecção nesse estado.

Acute pulmonary histoplasmosis is rarely diagnosed and is often confused with tuberculosis. Most knowledge of the disease has been derived from descriptions of epidemics in which a number of individuals were exposed to the same source of infection. Isolation of Histoplasma capsulatum var. capsulatum from soil samples is conclusive evidence of an epidemic focus. This is the first report of an outbreak of histoplasmosis, in which two cases were reported and the fungus was isolated at the focus of the epidemic, in the state of Santa Catarina. Further epidemiological studies are needed in order to determine the prevalence of the infection statewide.

Histoplasmose pulmonar cavitária crônica simulando tuberculose / Chronic pulmonary histoplasmosis mimicking tuberculosis

OBJETIVO: Avaliar os casos de histoplasmose pulmonar crônica ocorridos nos últimos anos, atendidos no Complexo Hospitalar Santa Casa de Porto Alegre (RS). MÉTODOS: Foram revisados os casos atendidos nos últimos 25 anos no Complexo Hospitalar Santa Casa de Porto Alegre e descritos quatro casos diagnosticados por cultivo e/ou achado histopatológico, corroborados por teste soromicológico. São comentados os casos da literatura brasileira. RESULTADOS: As manifestações clínicas preponderantes foram tosse produtiva, dispnéia, febre, anorexia e emagrecimento. Nos achados radiológicos pulmonares predominaram enfisema, cavidades cistóides, bronquiectasias e espessamento pleural. Os pacientes apresentaram história epidemiológica de contato com fezes de galinha. Num paciente, houve colonização de cavidade por Aspergillus fumigatus. CONCLUSÃO: A histoplasmose pulmonar crônica deve ser considerada na presença de lesões cavitárias em lobos superiores em pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica, baciloscopia negativa no escarro e não reatores à tubeculina. Hemoptise em vigência de lesões tardias ou doença curada sugerem colonização aspergilar.

Coexistência de colonização fúngica intracavitária (bola fúngica) e tuberculose ativa / Coexistence of intracavitary fungal colonization (fungus ball) and active tuberculosis

INTRODUÇAO: Embora a tuberculose pulmonar seja o principal fator predisponente para o surgimento de colonização fúngica em cavidade saneada, a coexistência das duas doenças é rara. A simultaneidade de colonização fúngica e micobacteriose ativa na mesma cavidade (bacilos álcool-ácido resistentes entre as massas de hifas) é excepcional. OBJETIVO: Descrever achados clínicos, diagnósticos, radiológicos, condições associadas e evolução em pacientes com tuberculose e colonização fúngica intracavitária pulmonar. MÉTODO: Foram avaliadas, retrospectivamente, fichas clínicas de 625 pacientes, entre os anos de 1974 e 2002, com bola fúngica diagnosticada por imunodifusão e/ou estudo micológico. O critério de inclusão foi baciloscopia positiva no escarro ou em histopatologia. RESULTADOS: Foram selecionados catorze pacientes. Todos apresentaram hemoptise, seguida de tosse com expectoração, dispnéia, emagrecimento, febre, astenia e dor torácica. Em dois casos, um colonizado por Aspergillus niger e outro por Scedosporium apiospermum (Teleomorfo, Pseudallescheria boydii), houve concomitância lesional da tuberculose ativa e bola fúngica. Nos demais, a micobactéria foi encontrada em parênquima circunjacente ou em pulmão contralateral. CONCLUSAO: Este estudo corrobora o antagonismo entre A. fumigatus e Mycobacterium tuberculosis. A possibilidade de concomitância de colonização fúngica e micobacteriose é demonstrada em outros agentes fúngicos, particularmente S. apiospermum (P. boydii) e A. niger.

Histoplasmoma pulmonar no Rio Grande do Sul / Pulmonary histoplasmoma in Rio Grande do Sul

Foram revisados dezesseis prontuários de pacientes que apresentavam nódulo pulmonar à radiografia de tórax diagnosticados como histoplasmoma através de achado histopatológico demonstrando elementos fúngicos compatíveis com Histoplasma capsulatum var capsulatum no Rio Grande do Sul. Revisada a literatura brasileira. Todos os pacientes eram brancos, nove eram homens, a média de idade foi de 50,8 anos. Seis (37,5 por cento) pacientes tinham história epidemiológica sugestiva de contato com fungo. Os nódulos variaram de 0,7 a 2,7 cm de diâmetro, apresentavam-se como granuloma com necrose caseosa. Doze (75 por cento) pacientes apresentavam nódulo solitário. O histoplasmoma como regra se apresenta como nódulo solitário com até três centímetros de diâmetro em paciente assintomático. O diagnóstico é realizado por exame histopatológico com coloração especial para visualização do fungo, método de Gomori-Grocott com metenamina argêntica. Cultivo ou testes soromicológicos não contribuem para o diagnóstico.

Histoplasmose pulmonar aguda no Rio Grande do Sul / Acute pulmonary histoplasmosis in the State of Rio Grande do Sul, Brazil

INTRODUÇAO: A histoplasmose pulmonar aguda depende da inalação de uma grande quantidade de propágulos fúngicos por um paciente hígido. O tempo de exposição determina a gravidade da doença. Uma epidemia é influenciada por fatores que afetam o crescimento e a transmissão do Histoplasma capsulatum var. capsulatum na natureza. OBJETIVO: Identificar os aspectos epidemiológicos e clínico-laboratoriais dos pacientes com histoplasmose pulmonar aguda no Rio Grande do Sul e compará-los com as microepidemias relatadas no Brasil. MÉTODO: Foram revisados 212 prontuários clínicos de pacientes com histoplasmose dos arquivos do Laboratório de Micologia do Complexo Hospitalar Santa Casa de Porto Alegre (RS) num período de 25 anos (1977-2002). Foram identificados e incluídos no estudo os casos de histoplasmose pulmonar aguda com cultivo positivo e/ou achado histopatológico compatível. As microepidemias foram diagnosticadas com a comprovação de um caso ou evidência soromicológica com história clínica compatível. Foram revisadas as microepidemias publicadas no Brasil. RESULTADOS: Dezoito de um total de 212 pacientes (8,5 por cento) foram incluídos no trabalho. A idade variou de 8 a 63 anos (média de 35,4; mediana de 34,5), e 67 por cento eram do sexo masculino. A história epidemiológica foi sugestiva em 11 pacientes (61 por cento). O tipo primário de histoplasmose pulmonar aguda foi o mais freqüente (17; 95 por cento). Houve predomínio de casos isolados. CONCLUSAO: O reconhecimento de casos isolados e a presença de microepidemias demonstram a abundância do H. capsulatum no solo, e juntamente com a ocorrência de todas as formas da doença, confirmam o Rio Grande do Sul como hiperendêmico para histoplasmose.

Histoplasmose disseminada no Rio Grande do Sul / Disseminated histoplasmosis in Rio Grande do Sul

Este trabalho descreve os aspectos epidemiológicos e clínico-laboratoriais de 111 casos de histoplasmose disseminada provenientes do Rio Grande do Sul, no período de 25 anos (1977-2002). Características da doença foram analisadas em pacientes com e sem aids. A aids foi doença predisponente em 70 (63,1 por cento) pacientes. Nos dois grupos houve predomínio de homens, brancos, sem história de contato conhecido com microfocos contaminados com Histoplasma capsulatum var capsulatum. As principais manifestações clínicas foram de caráter sistêmico como febre e emagrecimento (presentes em 97,1 e 92,7 por cento dos pacientes com e sem aids), seguidos de manifestações respiratórias e mucocutâneas. A soromicologia (positiva em 54,5 e 65,3 por cento respectivamente) se mostrou um bom método de triagem diagnóstica. O alto índice de acometimento cutâneo no grupo com aids (44,3 por cento) comparado com estudos norte-americanos (p<0,01) sugere que diferentes cepas do Histoplasma capsulatum possam ocasionar diferentes manifestações clínicas da doença.

Histoplasmose disseminada e SIDA: importância do meio de cultivo para o espécime clínico-broncoscópico / Disseminated histoplasmosis and AIDS: the role of culture medium for the bronchoscopic clinical specimens

A fibrobroncoscopia é um procedimento útil no diagnóstico da histoplasmose, quando o material clínico é processado adequadamente. São apresentados dez casos de histoplasmose disseminada em pacientes com SIDA, com avaliação micológica em cultivo, nos meios Mycosel® e ágar-Sabouraud cloranfenicol de espécimes clínicos colhidos por fibrobroncoscopia. A positividade do cultivo em Mycosel® foi de 60 por cento, enquanto no ágar-Sabouraud cloranfenicol foi de 20 por cento, evidenciando a importância do meio seletivo no isolamento do Histoplasma capsulatum var capsulatum de espécimes clínicos potencialmente contaminados, bem como a importância das informações clínicas para o laboratório, sendo esta a chave para o diagnóstico correto.

Influência do curso médico no aprendizado do alcoolismo / Influence of the medical course in teaching of alcoholism

Existem evidências de que o ensino de Alcoolismo nas escolas médicas é deficiente. A fim de verificar a validade dessa afirmativa foi feita uma análise dos conhecimentos dos alunos sobre o tema. Utilizou-se, para tanto, um questionário referente à etiologia do alcoolismo aplicado aos estudantes do 1§, 9§ e 12§ semestres da Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Os resultados, em geral, näo demonstraram ocorrer alteraçöes significativas no decorrer do curso médico. Este fato reforça a idéia de que a Faculdade de Medicina exerce pouca influência sobre o conhecimento dos alunos no que se refere à doença Alcoolismo